第三进主殿为玉皇殿,供奉的是玉皇大帝及诸位天师。
玉皇大帝,居于太微玉清宫,全称“昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇上帝”。道教认为玉皇为众神之王,在道教神阶中修为境界不是最高,但是神权最大。道经中称其居住昊天金阀弥罗天宫,妙相庄严,法身无上,统御诸天,综领万圣,主宰宇宙,开化万天,行天之道,布天之德,造化万物,济度群生,权衡三界,统御万灵,而无量度人,为天界至尊之神,万天帝王。简而言之,道教认为:玉皇总管三界(天上、地下、空间),十方(四方、四维、上下),四生(胎生、卵生、湿生、化生),六道(天、人、魔、地狱、畜生、饿鬼)的一切阴阳祸福。每年的腊月廿五,玉皇要亲自阵圣下界,亲自巡视察看各方情况。依据众生道俗的菩恶良莠来赏善罚恶。正月初九为玉皇圣诞,俗称“玉皇会”,台湾闽南俗称“天公生”。