三进院右侧(后)殿是三官殿,供奉的是三官大帝。
三官大帝即上元赐福天官紫微大帝、中元赦罪地官清虚大帝、下元解厄水官洞阴大帝,台湾民间俗称“三界公”,亦即掌管天、地、水三界之神。在道教神系中,有几位出现时间比三清尊神还早,且神阶很高的尊神,天、地、水三官就是其中之一,他们是道教最早敬奉的神灵,亦称“三元大帝”,“三官帝君”。
道教将三官大帝诞辰订为三元节,上元正月十五日祭拜天官,中元七月十五日祭拜地官,下元十月十五日祭拜水官。信徒祈求天官赐于福寿,祈求地官赦罪祛疾,向水官祈求消灾解厄。此外,台湾民间也将天官视为福、禄、寿三仙之福仙,由于天官是赐福紫微大帝,因此又以天官为福星,比如,北管扮仙戏《天官赐福》即将天官视为赐福之神。
三界公信仰是民间对天、地、水三界之崇拜,也反映人民对自然界的感恩之心,苍天覆盖万物护佑生灵,大地生成五谷负载万物,水源供给养份培育生命,因此民众对天、地、水均存敬畏之心。